變構(gòu)蛋白質(zhì)代謝相互作用的系統(tǒng)鑒定，體內(nèi)控制酶的活性。

·鏈接，卡爾Kochanowski，Uwe Sauer

發(fā)表于23455438

摘要

最近的數(shù)據(jù)表明，大多數(shù)的蛋白質(zhì)結(jié)合特定的代謝產(chǎn)物，這種相互作用是相關(guān)的代謝和基因調(diào)控。然而，有沒有方法來系統(tǒng)地識別變構(gòu)蛋白質(zhì)代謝的相互作用。在這里，我們提出一個(gè)實(shí)驗(yàn)和計(jì)算方法使用動(dòng)態(tài)代謝數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)變構(gòu)調(diào)節(jié)體內(nèi)相關(guān)。通過切換的培養(yǎng)條件下大腸桿菌每30秒之間的介質(zhì)含有14C-果糖或葡萄糖或丙酮酸或（13），我們測量逆轉(zhuǎn)磁通通過糖酵解途徑和觀察到的快速變化的代謝物濃度。我們適應(yīng)這些數(shù)據(jù)對糖酵解的動(dòng)力學(xué)模型和系統(tǒng)測試126個(gè)變構(gòu)相互作用對代謝動(dòng)力學(xué)的影響。我們確定的變構(gòu)作用支配糖異生、糖酵解之間的可逆開關(guān)，包括一個(gè)由丙酮酸激活果糖-1,6 -二磷酸酶。因此，從大的假定的變構(gòu)相互作用，我們的方法可以確定最有可能的，提供有關(guān)其功能的假說。